Khi chiến sự nổ ra ngày 25 tháng 6 năm 1950, ông được phân công phòng thủ Seoul với tư cách sĩ quan chỉ huy Sư đoàn Bộ binh số 1. Cuối cùng ông phải rút xuống Gyeongsang Nam nhưng đã có những đóng góp quan trọng cho việc phòng thủ vành đai Busan, đặc biệt là chiến thắng tại làng Dabudong.

Khi hành quân lên phía bắc, sư đoàn 1 của ông trực thuộc quân đoàn I Hoa Kỳ là đơn vị đầu tiên tiến vào Bình Nhưỡng ngày 19 tháng 10. Ông là một trong những sĩ quan đầu tiên nhận thấy việc Trung Quốc tham gia vào cuộc chiến. Chịu trách nhiệm phòng thủ tây bắc Triều Tiên nhưng ông đã bị đẩy lui bởi quân đội Trung Quốc áp đảo.

Tháng 4, 1951, Paik được bổ làm chỉ huy Quân đoàn I Hàn Quốc đảm trách phía đông Triều Tiên. Tháng 7, 1951, Paik được chọn để đại diện cho quân đội Hàn Quốc tại cuộc đối thoại ngừng bắn Kaesong nhưng hội nghị này không đem lại kết quả.

Tháng 11, lực lượng đặc nhiệm Paik được thành lập để tiêu diệt du kích cộng sản ở Jirisan. Chiến dịch này kết thúc thành công tháng 3 năm 1952. Nhờ chiến công này ông được đề bạt lên cấp trung tướng và lực lượng đặc nhiệm Paik được chuyển thành quân đoàn II Hàn Quốc. Sau đó ông được chỉ định làm Tham mưu trưởng Lục quân tháng 7 năm 1952. Ông đã hiến dâng bản thân cho việc xây dựng quân đội Hàn Quốc. Tháng 1 năm 1952, ông được thăng hàm đại tướng, trở thành tướng bốn sao đầu tiên của quân đội Hàn Quốc.